慶余年的太平別院的秘密是禁忌之門。根據(jù)葉輕眉在給范閑的信中提到的內(nèi)容,太平別院的湖底隱藏著禁忌之門,也是所有秘密的最終所在。這個禁忌之門可能是一個實驗室,里面可能有現(xiàn)代化的高科技設備,如手機、導航、電腦等。葉輕眉在信中警告范閑不要打開這扇門,因為它可能會顛覆秩序。具體的秘密內(nèi)容尚不清楚,但這個秘密的存在對故事情節(jié)起到了推動和重要的作用,引發(fā)了一系列的事件和揭秘過程。慶帝也派兵把守太平別院,說明他知道這里與眾不同,但具體的秘密仍然是一個謎。