慶余年中太平別院湖底的秘密是禁忌之門。根據(jù)葉輕眉在給范閑的信中提到的內(nèi)容,太平別院湖底存在著禁忌之門,這是一切秘密的最終所在。禁忌之門可能是葉輕眉的實(shí)驗(yàn)室,里面可能有現(xiàn)代化的高科技設(shè)備,如手機(jī)、導(dǎo)航、電腦等。這個(gè)秘密與范閑來到這個(gè)世界的身份有關(guān),涉及到范閑上輩子得了絕癥,精神“穿越”到葉輕眉兒時(shí)的故事。具體來說,禁忌之門指引發(fā)現(xiàn)它的人去到神廟,去到地球的最深部,以了解葉輕眉所說的“實(shí)驗(yàn)”以及“種子”的真相。