慶余年太平別院湖底的秘密是禁忌之門。根據(jù)葉輕眉在給范閑的信中提到的內(nèi)容,湖底隱藏著禁忌之門,也是所有秘密的最終所在。具體的秘密內(nèi)容以及禁忌之門的作用尚不清楚。根據(jù)一些觀點,禁忌之門可能是葉輕眉的實驗室,里面可能有現(xiàn)代化的高科技設(shè)備,如手機、導(dǎo)航、電腦等。葉輕眉曾從神廟偷了一把巴特雷和智能機器人五竹,并將巴特雷裝箱子帶走,而子彈則被五竹扔到太平別院地窖里。慶帝、陳萍萍等人一直在尋找神廟,以為里面有寶藏。總之,太平別院湖底的秘密仍然是一個謎。