董卓任命他的弟董為左將軍，倒子董璜為中軍校尉，都執(zhí)掌兵權(quán)。他的宗族及親戚都在朝中擔任大官，就連董卓侍妾剛生下的兒子也都被封為侯爵，把侯爵用的金印和紫色綬帶當作玩具。董卓所乘坐的車輛和穿著的各種衣飾，都與皇帝的一樣。他對尚書臺、御史臺、符節(jié)臺發(fā)號施令，尚書以下的官員都要到他的太師府去匯報和請示。他又在地修建了一個巨大的堡塢，墻高七丈，厚也有七丈，里面存了足夠吃三十年的糧食。他對自己說：“大事告成，可以雄據(jù)天下；如果不成，守住這里也足以終老。”董卓性情殘暴，隨意殺人，部下將領(lǐng)言語稍有差錯，就被當場處死，致使人人自危。司徒王允與司隸校尉黃琬、仆射士孫瑞、尚書楊瓚等密謀除掉董卓。中郎將呂布精于騎射，力氣超過常人。董卓知道自己待人寡恩無禮，害怕遭到暗害，無論去什么地方，都常常讓呂布做自己的隨從侍衛(wèi)，對他十分寵信，發(fā)誓說情同父子。但是董卓性情剛愎，曾經(jīng)為了一件不合自己心意的小事，拔出手戟擲向呂布。呂布身手矯健，避開手戟，又和言悅色地向董卓道歉，董卓才息怒作罷。呂布從此暗中怨恨董卓。董卓又命呂布守衛(wèi)中，呂布乘機與董卓的一位侍女私通，越發(fā)心中不安。王允一向待呂布很好。呂布見王允時，主動說出幾乎被董卓所殺的事情，于是王允將誅殺董卓的計劃告訴呂布，并讓他做內(nèi)應。呂布說：“但我們有父子之情，怎么辦？”王允說：“你自姓呂，與他本沒有骨肉關(guān)系，如今顧慮自己的生死都來不及，還談什么父子！他在擲戟之時，難道有父子之情嗎！”呂布于是說好吧。
夏季，四月，丁巳（疑誤），獻帝患病初愈，在未央殿大會朝中百官。董卓身穿朝服，乘車入朝。從軍營到皇宮的道路兩側(cè)警衛(wèi)密布，左側(cè)是步兵，右側(cè)是騎兵，戒備森嚴，由呂布等在前后侍衛(wèi)。王允命士孫瑞自己書寫詔書交給呂布。呂布讓同郡人、騎都尉李肅與勇士秦誼、陳衛(wèi)等十余人冒充衛(wèi)士，身穿衛(wèi)士的服裝，埋伏在北掖門等待董卓。董卓一進門，李肅舉戟刺去，董卓內(nèi)穿鐵甲，未能刺入，只傷了他的手臂，跌到車下。董卓回頭大喊：“呂布在哪里？”呂布說：“奉皇帝詔令，討伐賊臣！”董卓大罵說：“狗崽子，你膽敢如此！”呂布沒等董卓罵完，就手持鐵矛將他刺死，并催促士兵砍下他的頭顱。主簿田儀及董卓的奴仆撲到董卓的尸前，又被呂布殺死，共殺了三個人。呂布隨即從懷中取出詔書，命令官兵們說：“皇帝下詔，只討董卓，其他人一概不問?！惫俦鴤兟牶蠖剂⒄粍?，高呼萬歲。百姓大街道上唱歌跳舞，以示慶祝。長安城中的士人、婦女賣掉珠寶首飾及衣服，用來買酒買肉，互相慶賀，街市擁擠得水泄不通。董卓的弟弟董、董璜以及留在塢的董氏家族老幼，都被他們的部下用刀砍死，或用箭射死。董卓的尸體被拖到市中示眾。當時天氣漸熱，董卓一向身體肥胖，油脂流到地上，看守尸體的官吏便作了一個大燈捻，放在董卓的肚臍上點燃，從晚上燒到天亮，就這樣一連燒了幾天。受過董卓迫害的袁氏家族的門生們，把已被斬碎的董卓尸體收攏起來，焚燒成灰，所撤在大路上。塢中藏有黃金二三萬斤，白銀八九萬斤，綾羅綢緞、奇珍異寶堆積如山。獻帝任命王允主持尚書事務；呂布為奮威將軍，假節(jié)，禮儀等待遇均與三公相等，封溫侯，與王允一起主持朝政。
董卓被殺時，左中郎將、高陽侯蔡邕正在王允家中作客，聽到這一消息后，為之驚嘆。王允勃然大怒，斥責說：“董卓是國家的大賊，幾乎滅亡了漢朝王室的統(tǒng)治。你是漢朝的大臣，應當同仇敵愾，而你懷念他的私人恩惠，反為他悲痛，這豈不是與他共同為逆嗎！”當時就將蔡邕逮捕，送交廷尉。蔡邕承認自己有罪，說：“雖然我身處這樣一個不忠的地位，但對古今的君臣大義，耳中常聽，口中常說，怎么會背叛國家而袒護董卓呢！我情愿在臉上刺字，砍去腳，讓我繼續(xù)寫完《漢史》?！痹S多士大夫同情蔡邕，設(shè)法營救他，但沒有成功。太尉馬日對王允說：“蔡伯喈是曠世奇才，對漢朝的史事典章了解很多，應當讓他完成史書，這將是一代大典。而且他所犯的罪是微不足道的，殺了他，豈不使天下士人失望！”王允說：“從前武帝不殺司馬遷，結(jié)果使得他所作的謗書《史記》流傳后世。如今國運中衰，兵馬就在郊外，不能讓奸佞之臣在幼主身邊撰寫史書，這既無益于皇帝的圣德，還會使我們這些人受到譏諷?！瘪R日退出后，對別人說：“王允的后代大概要滅絕！善人是國家的楷模，史著是國家的經(jīng)典。毀滅楷模，廢除經(jīng)典，國家如何能夠長久？”于是，蔡邕就死在獄中。