就在馬鳴風占領潼關，處置疫情期間，孫傳庭也沒有閑著，利用自己的職權四處征調兵力，十幾天的功夫就集結了十三萬大軍。
這時候因為疫情的原因，李自成的大軍已經(jīng)解圍而去，西安重新恢復到了原來的平靜。
但是與之相應的，李自成在退走之后留下了一批身患疫情的軍士，這些軍士現(xiàn)在正在縣城下，一個個疲弱不堪，舉著白旗要向官軍投降。
然而孫傳庭沒有治療瘟疫的手段，同時也不能讓這些人將瘟疫傳染給西安城內外的軍民，所以直接下令將這些身患瘟疫的闖軍將士們射殺，然后燒了之后深埋。
在這之后孫傳庭下令招兵買馬，發(fā)展生產，購置武器，訓練軍士，組建火車營以應對李自成的騎兵，準備在半年之后與李自成的大軍決戰(zhàn)，如果疫情繼續(xù)肆虐闖軍的話，時間可以提前到三個月后。
然而令人無語的是，僅僅經(jīng)過了三天，崇禎催促出兵的詔令就傳了下來。
孫傳庭本不予理會，然而催促出兵的詔令一道又一道，這讓孫傳庭沒有辦法，只能決定即刻出征迎敵。
這時候孫傳庭麾下有自己親自統(tǒng)轄的陜西兵，侯恂作為督師、左良玉作為主將的湖廣兵，楊文岳作為總督的保定兵，還有陳士奇作為統(tǒng)帥、孔貞會作為主將的四川兵，蔡懋德作為統(tǒng)帥的山西兵，此外還有劉澤清的山東兵，朱大典的南京兵等力量，兵力雖然不少，可是卻沒有經(jīng)過整訓，彼此之間的默契極少，想要在與如臂使指的闖軍對戰(zhàn)中取勝實在有些不容易。
然而圣命難違，孫傳庭也沒有辦法，于是決定按照皇帝的旨意，率軍出征。
于是孫傳庭下令留下一萬將士守衛(wèi)西安，同時傳檄馬鳴風協(xié)同守衛(wèi)，隨即率領十二萬大軍出發(fā)，前去會戰(zhàn)闖軍。
這時候的闖軍已經(jīng)來到了延安府，經(jīng)過一番劫掠后休養(yǎng)生息，準備伺機反撲。
孫傳庭聽說消息之后，統(tǒng)率大軍分三路北上迎敵，孫傳庭以陜西兵、蔡懋德的山西兵以及朱大典的南京兵為中軍，從西安往正北出發(fā)，經(jīng)咸陽、涇陽、三原、富平、耀州、同官等地進入延安府，目標直指延安府的重鎮(zhèn)鄜州；以侯恂的湖廣兵和陳士奇的四川兵為西路，率軍往西出發(fā)，經(jīng)咸陽、醴泉、永壽、邠州，進入與延安府西鄰的慶陽府，然后在慶陽府的寧州翻越橫嶺進入延安府，到鄜州與主力會合；東路則以楊文岳的保定兵、劉澤清的山東兵為主，自西安向東出發(fā)，經(jīng)臨潼，入渭南，至同州，澄城，翻越麻陂山進入延安府境內，占領洛川，進入鄜州與主力會合。
因為闖軍都已經(jīng)北撤，所以孫傳庭的大軍一路勢如破竹，將被闖軍占領的州縣全都收復了。
數(shù)日之后，三路大軍盡皆進入延安府境內。
然而就在進入延安府之后，各路大軍就遭遇到了闖軍。
首先是東路軍，這一路軍的力量本來就是最弱的，在孫傳庭的計劃中不過是奇兵而已，所起到的只是牽制和戰(zhàn)略配合的作用。
然而沒想到這一路軍剛剛過了山口，卻發(fā)現(xiàn)前面的一大片開闊地帶，闖軍的騎兵早已經(jīng)準備就緒，隨后那支騎兵往來縱橫沖突，很快就東路軍的陣型沖擊得七零八落。
隨后這支官軍又遭到了敵軍步兵的屠殺，于是這支兩萬人的隊伍除了五千余人順著原路轉身逃走和三千余人被殺之外，剩下的全都選擇了投降。
與此同時西路軍也遭遇到了敵軍的埋伏，不過西路軍的力量相當強大，再加上侯恂的行軍比較謹慎，并沒有上當，隨后雙方進行了短暫的對峙，在之后的戰(zhàn)斗中，官軍居然越戰(zhàn)越勇，最后居然打退了敵軍，不僅稍有斬獲，還將戰(zhàn)線向北推進了數(shù)十里。
然而在此之后，闖軍據(jù)險頑抗，西路軍想要前進卻也困難，雙方再度陷入了僵持之中。
最麻煩的是中路軍，當然最關鍵的也是中路軍。
其實在一開始，中路軍還是取得了不小的勝利的。
當時孫傳庭率領大軍翻山而過，潛行了闖軍營寨外面，準備來個出其不意。
第二天一早，孫傳庭令部將左勷所率的左軍，鄭嘉棟所率的右軍與高杰所率的中軍設下埋伏，又命牛成虎率前軍挑戰(zhàn)民軍，采取誘敵深入的方法將賊軍引入伏擊圈。
雙方接戰(zhàn)不久，牛成虎佯裝失敗，闖軍不虞有詐，進行追擊，結果進入了官軍的包圍圈，一時之間四面伏兵突起，闖軍猝不及防，只能向北敗退，官軍緊追不舍一直追殺了三十里。這一戰(zhàn)官軍殺死闖軍七八千人，繳獲物資無數(shù)，然而后來因為突然天降暴雨，官軍又冷又餓，只能停止追擊。
孫傳庭初戰(zhàn)得勝，心中十分高興，然而不成想官兵仗著人多和官兵不背，竟然又突然返回來殺了個回馬槍。
官兵始料不及，兵敗如山倒，孫傳庭率軍逃回了西安府。
在逃回西安府之后，孫傳庭不甘心失敗，于是再度下令大軍北上，只不過這一次孫傳庭并沒有選擇繼續(xù)從原路發(fā)起進攻，而是走到了西側數(shù)十里距離的玉華山，翻越玉華山之后，也沒有偷襲闖軍的主力，而是直接襲擊了不遠處的宜君城。
看宜君城的主將是李養(yǎng)純，綽號“四天王”，當?shù)焦佘姶筌姳R城下，李養(yǎng)純面色大變，即刻開城投降，并且把闖軍的許多機密都說了出來。
根據(jù)李養(yǎng)純所說，闖軍的家眷在西北方百里外的直羅，地方上任職的文武官員屯聚在東北方二百里外的洛川。孫傳庭根據(jù)這個情報立刻決定，首先攻破直羅，斬殺闖軍家眷，亂其軍心。
第二天，孫傳庭率軍急襲直羅，破城之后將聚居在那里的闖軍家眷全部斬殺。
消息傳來之后，闖軍的將士全都悲憤不已，咬牙切齒的要找官軍報仇。
然而當闖軍將士在前往直羅的過程中就遭遇了官軍的伏擊，闖軍戰(zhàn)敗，大肆潰逃。
孫傳庭接受了上一次縱虎歸山的教訓，下令緊追不舍，殺死了李自成麾下的果毅將軍謝君友，就連李自成都差多一點成為了俘虜，后來李自成僥幸逃脫，終于逃入了鄜州城，他眼看著官軍尾隨而至，不僅沒有絲毫的擔心，反而仰天大笑，因為他已經(jīng)想到了對付官軍的計策了。