距離那場夏令營結(jié)束已經(jīng)過去了四年。如今的小智已經(jīng)到達了十歲，明天正是他們出發(fā)旅行的日子。
小智道：“皮卡丘，滾球獸，你們準備好了沒有，明天我們就要開始旅行，同時我們也要和千年獸對抗了?！?p> “皮卡丘”皮卡丘很是的興奮已經(jīng)做好準備了。
滾球獸：“沒問題，千年獸就交給我們來對抗吧。”
花子走上來道：“小智，你跟誰說話呢，明天就要去出發(fā)了還不睡覺。”
小智：“我知道了，我這就睡?！闭f完立刻躺在那床上，滾球獸在一旁裝成了布偶。
第二天
小智慌忙起床：“遭了遭了，遲到了?！边B衣服都沒來得及換，直接穿著睡衣跑了出去。
“明明上好了鬧鐘，怎么不響呢？一定是那群商家賣的不良品。”小智說道
“我覺得只是你睡過頭了而已吧?！睗L球獸在小智的頭上說道
“你給我回來?！毙≈蔷湍贸霰垯C，將滾球獸收了回去。
當小智到達研究所后小茂正準備出發(fā)：“呦，這不是小智嘛，第一天就遲到，真是有你的。我已經(jīng)拿到杰尼龜了，你就在后面當我的襯托吧哈！”
小茂剛說完。不知道從哪里，蹦出來一群美女拉拉隊，一直不停喊著口號
“小茂小茂真帥！小茂小茂最棒！！”
“小茂少爺超酷啊！”
“謝謝！謝謝各位女朋友們！”小茂非?；ㄐ牡卣f道，然后上了一輛紅色跑車，美女們也一并上來。
“哈哈哈哈，小智，看到?jīng)]，我有女朋友們和我一起旅行，而你則是孤獨一個人，要不要上我的車，和我一起旅游？我會帶你挑戰(zhàn)道館?！?p> “誰要你帶呀？”
“皮卡皮卡~”
在小智的怒視下，小茂瀟灑的開著車，帶著女朋友出發(fā)了。
大木博士走過來：“啊，小智你來了，第一天就遲到，真是的，寶可夢都已經(jīng)被領(lǐng)完了。”
小智道：“沒關(guān)系呀，我有皮卡丘就夠了，對不對？”
大木博士道：“你和皮卡丘感情真好，進來吧?！?p> 進入研究所之后，大木博士把圖鑒和精靈球交給了小智其中有三顆精靈球和普通的精靈球不一樣下面是一樣的白色，可是上面全是鮮艷的藍色，上面還有一個英文字母D
大木博士：“這個呢就是精靈圖鑒，它可以自由記錄你所遇到的寶可夢。然后呢，精靈球你可以用來捕捉寶可夢，對了對了，還有世界上好像出現(xiàn)了很多會說話的寶可夢，經(jīng)過調(diào)查之后發(fā)現(xiàn)他們和普通的寶可夢不一樣，所以我們研發(fā)了特殊的精靈球?qū)ｉT用來捕捉他們，也就是這種D-精靈球，好了，現(xiàn)在你出發(fā)吧?！?p> 小智接過來：“謝謝，大木博士?！?p> 小智從研究所出來之后發(fā)現(xiàn)他花子還有真新鎮(zhèn)的居民都在這里一番寒暄之后。
花子走了過來，將小智抱在懷里，說:“媽媽知道你是個懂事，成熟的孩子，雖然偶爾你也會有犯傻，孩子氣的時候，但你畢竟還是個孩子，如果旅行累了，記得常回家看看，家里的大門永遠為你打開?！?p> 感受到母親的溫暖，小智也抱住了花子，口中念到:“謝謝你，媽媽?！?p> 花子放開了小智，說:“好了，小智，該上路了，記得要注意安全。皮卡丘，小智就拜托你了?！?p> “皮卡丘~”（沒問題）皮卡丘對花子豎起了大拇指，笑容里露出潔白的牙齒。
“皮卡丘，我們走，向神奇寶貝大師出發(fā)?！?p> “皮卡丘~”
“路上小心?！薄坝浀脼檎嫘骆?zhèn)爭光喔?！?p> 同時
遙遠的卡洛斯地區(qū)的朝香鎮(zhèn)。
莎莉娜道：“媽媽，那我出發(fā)啦?！?p> 咲兒：“路上小心噢，記得先去密阿雷市找布拉塔諾博士拿寶可夢圖鑒和精靈球之后再去關(guān)東哦?！?p> 密阿雷市
看起來有點兒年輕，嘴角上有點兒胡子的，穿著白大褂的男人正在這里等著。
布拉塔諾博士：“我已經(jīng)等你很久了，那么你要選擇哪一個呢？”
莎莉娜道：“我早就決定了，我要火狐貍，接下來就請多指教啦?！?p> 火狐貍直接跳上了莎莉娜的肩膀。
布拉塔諾：“這個是精靈圖鑒，還有精靈球，另外的三顆是特殊的D-精靈球，是專門用來收服那種新發(fā)現(xiàn)可以說話的寶可夢，還有，這是去關(guān)東的機票，我已經(jīng)和大木博士打過招呼了，你收服了寶可夢之后會自動傳送到大木博士那里?！?p> 莎莉娜接過東西放入背包說了聲謝謝后就想著機場走去。
黑暗空間
“可惡的皇家騎士，還有那個阿爾宙斯，怎么到哪里都有阻撓我的存在。哼！等我的傷好了之后，我非要讓我他們算賬不成，哼，不過現(xiàn)在還是想辦法讓七魔王們再一次重現(xiàn)比較好，又要動用力量了?！鼻戢F一邊說著一邊散發(fā)出黑霧，黑霧漸漸形成了七個黑影，“去吸收人類的負面情緒，再一次降臨吧，我的親信，七魔王們?！?p> 七個黑影前往了七個地區(qū)，在騎著地區(qū)的中間，吸取著那個地區(qū)所有人的負面情緒。但守衛(wèi)者各地區(qū)的傳說中的寶可夢誰也不知道這件事，包括在超克空間的阿爾宙斯都沒有察覺，因為千年獸的黑霧似乎阻撓了他們的感覺。
關(guān)東地區(qū)的一號道路。
小智和皮卡丘以及進化后的亞古獸正與烈雀群戰(zhàn)斗著。
因為他們在出發(fā)的時候不小心驚動了一只烈雀，結(jié)果那只烈雀卻叫來了一大堆幫手圍捕他們，在這場戰(zhàn)斗中，滾球獸成功進化成了亞古獸。
“小型火焰！”“小型火焰！”
“皮—卡—丘”亞古獸和皮卡丘不停的釋放著絕招，將烈雀擊退，但擊退一波又來一波兩只的體力逐漸消失了。
小智道：“可惡，沒完沒了！”
這個時候一道火焰直接命中，烈雀，同時一只巨大的寶可夢把一人兩只帶到了背上，然后飛上了天空。烈雀們驚慌失措地逃離。
而在后面的一個騎腳踏車的少女，看到這一幕后吃驚：“那個難道是...鳳王”
小智用波導(dǎo)之力與鳳王，溝通：“呼，鳳王，真是多謝你了，不過你怎么會過來的？”
風王心靈感應(yīng)：(呵呵，察覺到了氣息，所以過來看看，沒想到一過來就看見你這一幕，真是的，真不知道該怎么說，前面就是城市了，我要是進入的話肯定會引起騷動，所以我就只能把你送到這兒嘍，這個是我的羽毛，有了這個，你就可以得到我的祝福。)
鳳王把小智送到了離常磐市不遠的地方，同時一根彩虹色的羽毛交到了小智的手上。
鳳王：再見了??！
小智和皮卡丘亞古獸向著鳳王告別。
亞古獸：“呼，累死了，我先回暴龍機里休息了，沒什么事不要叫我，開飯了再把我叫出來?！闭f完直接進入了暴龍機。
小智：“走吧，前面就是常磐市了，和莎莉娜匯合之后再說吧?！?p> 常磐市的門口小智被君莎給攔住了。
君莎：“站住，請出示你的身份證件?！?p> 小智拿出圖鑒：“這個精靈圖鑒是贈予真新鎮(zhèn)的小智，希望他將來能夠成為著名的寶可夢大師，大木博士?！?p> 君莎道：“嗯，確認完畢，那天因為最近出現(xiàn)了寶可夢失蹤的事件。你們要小心，還有皮卡丘可不擅長初始寶可夢?！?p> 小智道：“沒問題，我和皮卡丘是一長大的，對吧？”
“皮卡！”皮卡丘在肩上點了點頭。
君莎道：“你們的感情真不錯呢，讓我送你們?nèi)毧蓧糁行陌伞！?p> 小智道：“不用，我已經(jīng)和朋友約好了在常磐市見面。”說著謝過了君莎進入了常磐市。
常磐市內(nèi)莎莉娜正在到處亂撞：“寶可夢中心到底在哪里呀？”
小智剛進入沒多久就看見了她，然后就想到了一個好玩的事情。
小智悄悄走到莎莉娜的后面，然后捂住了她的眼睛：“猜猜我是誰？”
“好了，這種游戲就別玩了?！鄙蚰葤昝摿酥?，回頭一看，果然小智就在后面笑嘻嘻的看著。
“這不是好久不見，想逗逗你嗎？”
隨后兩人就前往了寶可夢中心。