“暗部組織”是隸屬于學(xué)園都市上級(jí)管理者的機(jī)密組織，絕大部分為統(tǒng)括理事會(huì)的成員服務(wù)，每個(gè)組織都有著自己的職能，一般而言是根據(jù)上級(jí)的指示進(jìn)行暗殺、盜取、威脅、防衛(wèi)、研究等等的危險(xiǎn)活動(dòng)，解決在“光明面”無(wú)法解決的問(wèn)題或事件，是活躍于學(xué)園都市陰暗面的組織，雖然工作內(nèi)容大部分都是“骯臟”不見(jiàn)得光，但某種意義上也是維持了學(xué)園都市的安定發(fā)展。
暗部組織一般由四、五人組成，小部分只有一個(gè)，大部分都是為學(xué)園都市利益行動(dòng)，但也有小部分是作為理事會(huì)成員的私人保鏢。由于暗部組織屬于高度機(jī)密，組織所屬的上級(jí)間也有各自的利益目的，所以各個(gè)組織之間幾乎沒(méi)有什么認(rèn)知，當(dāng)然亞雷斯塔的直屬暗部由于直接為其效命，知道的會(huì)比其他的組織多，也不乏像垣根帝督這種靠自己能力掌握情報(bào)的，但都只是僅限于知道其他組織名稱和部分成員，也因此暗部在各自的行動(dòng)中會(huì)發(fā)生沖突（如在“印度撲克事件”中School和Item的個(gè)別成員就發(fā)生過(guò)一次沖突）。
由于工作性質(zhì)的特殊性，暗部成員都是經(jīng)過(guò)嚴(yán)格篩選的，基本上這些成員都是有著一定經(jīng)歷的“怪胎”，盡管學(xué)園都市通過(guò)手段為他們戴上“枷鎖”使其為他們效命，但他們還是能背地里為自己的目的而行動(dòng)。
五大暗部組織
學(xué)園都市中有數(shù)個(gè)暗部組織，其中“暗部大戰(zhàn)”出現(xiàn)的五個(gè)暗部組織是除了已經(jīng)陣亡的“獵犬部隊(duì)”(詳見(jiàn)0930事件）外，最常規(guī)、出動(dòng)數(shù)最高，同時(shí)也是實(shí)力最穩(wěn)定的一線組織，他們分別是是“Group“、“Item“、”Block“、”Member“以及“School“。
經(jīng)歷“暗部大戰(zhàn)”后暫時(shí)僅存“Group”。
下面開始介紹Group (集團(tuán)）
由土御門元春、一方通行、結(jié)標(biāo)淡希、艾扎力四人組成，主要任務(wù)是替代上級(jí)處理“光明面”無(wú)法出面處理的問(wèn)題，進(jìn)行一系列的暗殺、盜取、破壞等的活動(dòng)
土御門元春
原身份是從英國(guó)清教派來(lái)學(xué)園都市作為間諜的魔法師，后因被在三十六個(gè)小時(shí)內(nèi)識(shí)破，被迫成為了學(xué)園都市作為安排在英國(guó)清教的間諜，現(xiàn)在是雙面間諜的身份。精通陰陽(yáng)魔法以及暗殺術(shù)，魔法名為“Fallere825（背后捅人刀）”，雖然和上條是同學(xué)兼死黨，但在科學(xué)和魔法上的事情都很精通，有個(gè)義妹土御門舞夏，是個(gè)中毒性妹控候群癥病患者，為了守護(hù)義妹而被迫加入Group
一方通行
學(xué)園都市最強(qiáng)超能力者，為了不讓自己的能力傷害別人，決心通過(guò)“絕對(duì)能力者進(jìn)化計(jì)劃”成為無(wú)敵的存在，讓所有人不會(huì)產(chǎn)生挑戰(zhàn)他的想法，認(rèn)為這樣自己就可以不再傷害別人，過(guò)上正常人的生活?！懊妹檬录焙?，因救下最終信號(hào)而大腦受到重創(chuàng)，后被青蛙臉醫(yī)生救活，靠脖子上的電極和御坂網(wǎng)絡(luò)維持運(yùn)算能力?！?930”事件后，被學(xué)園都市追究賠償費(fèi)八兆日元，以及為襲擊湯瑪斯·普拉提納柏格負(fù)責(zé)，要求其加入暗部組織，后被對(duì)方的“若是沒(méi)有了學(xué)園都市，就沒(méi)有了超能力者們的容身之所”理由所屈服，為了守護(hù)最后之作及其喜愛(ài)的風(fēng)景，加入Group
結(jié)標(biāo)淡希
學(xué)園都市最強(qiáng)空間能力者，但在兩年前因失誤使得自己移動(dòng)到了墻中而留下了嚴(yán)重的心靈創(chuàng)傷，若沒(méi)有這個(gè)創(chuàng)傷很有可能會(huì)成為超能力者，為了查明能力的意義和有相同想法的同伴策劃了“殘骸事件”，后以失敗告終，學(xué)園都市把她的同伴被關(guān)押在了學(xué)園都市的少管所作為籌碼，迫使她加入暗部組織Group
艾扎力
艾扎力是中美洲魔法結(jié)社“有翼者歸來(lái)”所屬的阿茲特克系魔法師，受到組織之命潛入學(xué)園都市，在常盤臺(tái)中學(xué)中偽裝成學(xué)校理事長(zhǎng)孫子海原光貴，準(zhǔn)備把“上條勢(shì)力”的相關(guān)人員之一御坂美琴解決，卻不知不覺(jué)中喜歡上了美琴，被當(dāng)媽識(shí)破偽裝后與當(dāng)媽對(duì)決被打敗，與當(dāng)媽達(dá)成了某個(gè)約定，而自己也決定用自己的方式實(shí)現(xiàn)約定，于是背叛組織加入了暗部。使用撕下他人皮膚偽裝成他人樣子的變身魔法，以及能反射金星光芒分解一切的“托拉維斯卡邦提克烏托里之槍”進(jìn)行攻擊。
Item (道具）
由麥野沉利為首，芙蘭達(dá)·塞維倫、絹旗最愛(ài)、瀧壺理后四人組成，主要業(yè)務(wù)是阻止包括統(tǒng)括理事會(huì)在內(nèi)的“高層”失控，消除學(xué)園都市內(nèi)的不安定分子
麥野沉利
Lv5排名第四的超能力者，性格豪邁的大姐姐，能力原子崩壞擁有很高的破壞力，曾經(jīng)自言在高輸出的狀態(tài)下能一秒轟掉三個(gè)超電磁炮，但同時(shí)自己也會(huì)灰飛煙滅。很有性格，不會(huì)完完全全聽從上級(jí)的指揮，有時(shí)會(huì)按照自己的興趣插一腳到事件中，很重視“Item“整個(gè)組織（物理上），自己的想法永遠(yuǎn)排在第一位，討厭被出賣，因自己的狂妄自大被Lv0的濱面反殺擊敗
芙蘭達(dá)·塞維倫
一個(gè)喜歡吃鯖魚罐頭的洋裝少女，自身能力不明，喜歡用爆炸人偶以及各種爆炸物作為攻擊道具。非常喜歡麥野，但也是個(gè)“保命”高手，為求生存而可以做出任何事，在《超電磁炮》的“妹妹篇”中差點(diǎn)就出賣了隊(duì)友，在暗部大戰(zhàn)時(shí)對(duì)上垣根帝督，為保命而把Item的秘密據(jù)點(diǎn)泄露，與垣根進(jìn)行了某些交易后逃走，叛變到School準(zhǔn)備回到Item做間諜，結(jié)果被麥野發(fā)現(xiàn)慘遭腰斬，本人做事趨利避害，能毫不猶豫的出賣隊(duì)友。有個(gè)妹妹，為了妹妹而在暗部中工作。
絹旗最愛(ài)
黑暗的五月計(jì)劃實(shí)驗(yàn)者之一，比起前面兩位她是比較有人性的成員，說(shuō)話喜歡帶個(gè)“超”字，很喜歡B級(jí)電影。能力是Level 4的“氮?dú)庋b甲，能在自己身體數(shù)厘米外形成氮?dú)猓瑢?shí)現(xiàn)防御以及增強(qiáng)力量的提升。
瀧壺理后
被垣根帝督斷言最有可能成為“第八位”的人，但其能力“能力追蹤”能通過(guò)感覺(jué)能力者身上所散發(fā)的AIM擴(kuò)散力場(chǎng)來(lái)進(jìn)行追蹤，可惜需要通過(guò)服用“晶體”（失控能力法則解釋用誘爆實(shí)驗(yàn)使用的藥品），對(duì)身體的負(fù)擔(dān)非常的大。為人溫柔但卻有非常強(qiáng)的力道，喜歡濱面，面對(duì)無(wú)論是怎樣的濱面都會(huì)接受，以后絕對(duì)是個(gè)好老婆~~
Block (區(qū)塊）
由佐久辰彥、手鹽惠未、山手、鐵網(wǎng)四人組成。主要的職責(zé)是監(jiān)視與學(xué)園都市外部協(xié)力機(jī)關(guān)的合作，防止技術(shù)泄露。
佐久辰彥
Block的首領(lǐng)，身材魁梧的男子，在“0930”時(shí)間后開始思考如何脫離亞雷斯塔的掌控，在“暗部大戰(zhàn)”中因那輕視生命的態(tài)度被手鹽一拳打倒
手鹽惠未
身材矯健的女子，在表面世界以“警備員”為掩飾，自己有一套改良過(guò)的警備員逮捕術(shù)，比起佐久有著自己的道德底線。鐵網(wǎng)的讀心中，說(shuō)她沒(méi)有雙親、發(fā)不出聲音的原因都不是什么值得窺探的過(guò)去，推斷過(guò)去有著一段辛酸艱苦的經(jīng)歷
山手
一個(gè)一出場(chǎng)就被海原擊殺的弱者，雖然弱卻是重要人物，讓偽裝成他的海原非常頭痛
鐵網(wǎng)
一個(gè)憂柔的女孩，能力為可以讀取他人內(nèi)心的意見(jiàn)解析，被海原用護(hù)手霜炸掉了手
Member (人員）
由博士、馬場(chǎng)芳郎、索綺特、查樂(lè)四人組成，是亞雷斯塔的直屬組織，擁有很多黑科技以及各種的研究
博士
穿著大白褂的中年男子，操縱反射合金粒子”合歡“進(jìn)行攻擊。在十二歲那年被藝術(shù)的偉大震撼到而感到絕望，后在于垣根帝督的對(duì)戰(zhàn)中被再次感受一次絕望
馬場(chǎng)芳郎
躲在一個(gè)名為“避暑圣地”的地下室進(jìn)行幕后支援的黑客男子，平時(shí)通過(guò)操縱四腳機(jī)械獸協(xié)助博士。在博士被擊敗后，被人用手段困在“避暑圣地”的他向索綺特求救，卻被告知他辛苦搜集的各個(gè)組織的情報(bào)在另一個(gè)服務(wù)器上就有而遭到拋棄，因心理壓力過(guò)大而精神崩潰
索綺特
和艾扎力一樣同屬于“有翼者歸來(lái)的魔法師，受命前來(lái)清除叛徒。在組織中擁有“尸體專家”之名，為了能肅清艾扎力而閱讀了原典，身體受到了嚴(yán)重的侵蝕，后來(lái)被艾扎力奪取了原典才得以存活。
和艾扎力是青梅竹馬，喜歡艾扎力，因此在得知艾扎力叛變后非常的悲憤。
另外，因某些原因和淚子成了很要好的朋友
查樂(lè)
一個(gè)能力是暫稱為“死角移動(dòng)”的空間移動(dòng)系能力，只有Lv3的程度，無(wú)法計(jì)算十一次元以上的運(yùn)算值，只有在知道敵人位置情報(bào)的基礎(chǔ)下才能發(fā)動(dòng)能力，認(rèn)為“腦殘”后的一方不是自己的對(duì)手而公然擋在了一方去衛(wèi)星的路上，然后被一方簡(jiǎn)單收拾
School (學(xué)校）
由垣根帝督、某女生、砂皿致密、譽(yù)望萬(wàn)化四人組成。職能與Group基本相同，也會(huì)根據(jù)垣根的想法來(lái)行動(dòng)
垣根帝督
Lv5中排名第二的超能力者，能力名字為“未元物質(zhì)”，能夠制作出這個(gè)世界本來(lái)就不存在的物質(zhì)，很在意自己所處的地位，為了向亞雷斯塔證明自己的重要性而挑起了“暗部大戰(zhàn)”。在于一方對(duì)戰(zhàn)中，曾經(jīng)一度占據(jù)上風(fēng)，但后來(lái)激怒了一方被黑翼攻擊慘敗。作為School的首領(lǐng)對(duì)自己的能力與計(jì)劃非常自信。
某女生
姓名不詳，穿著華麗禮服的卷發(fā)少女，能力為可以縮短對(duì)方與自己心理距離的“心理規(guī)定”，會(huì)運(yùn)用能力在賓館房間與男性客人聊天賺取小費(fèi)。沒(méi)有參與擊敗一方的作戰(zhàn)，稱一方的內(nèi)心難以觸摸，若果他是那種就算是至親也會(huì)扣下扳機(jī)的那種人將會(huì)很危險(xiǎn)。
砂皿致密
School從人才派遣中雇傭過(guò)來(lái)彌補(bǔ)追擊手空位的人，參與親船最中的暗殺但遭到Group的阻撓失敗，后在與Item的交戰(zhàn)中被絹旗最愛(ài)懂導(dǎo)彈重創(chuàng)。
譽(yù)望萬(wàn)化
一個(gè)LV4的念動(dòng)力能力者，通過(guò)頭上的土星環(huán)可以實(shí)現(xiàn)隱身、數(shù)據(jù)攝取等等的衍生能力，是School的情報(bào)員，能力挺厲害，可惜過(guò)分自信，過(guò)往曾經(jīng)不自量力的向NO.2挑戰(zhàn)，后被擊敗到懷疑人生，之后一直無(wú)法正視垣根，一旦被垣根凝視就會(huì)產(chǎn)生嚴(yán)重的身體不適（主要為嘔吐），因能力用途挺廣泛而被垣根拉攏加入School。在和LV5的麥野對(duì)戰(zhàn)時(shí)仍然不改自信的一面硬抗，結(jié)果被殺。
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